L’ANCE comprend six (06) organes qui sont : (1) Assemblée Générale (A.G) ; (2) Conseil d’Administration (CA) ; (3) Secrétariat Exécutif (CE) ; (4) Comité Scientifique (CS) ; (5) Commissions Spécialisées (CSp) et (6) Bureaux Régionaux (BR).

L’Assemblée Générale ordinaire est organisée chaque deux (02) ans. Elle nomme les membres du Conseil d’Administration, approuve les rapports et comptes audités, approuve les modifications et clauses des statuts de l’organisation.

Le Conseil d'Administration : est composé de onze (11) membres dont un Président, un Trésorier, un Secrétaire Général et huit (08) autres membres, tous élus par l'Assemblée Générale, pour un mandat de deux (ans) renouvelable une seule fois. 

Le Comité Scientifique : est l’organe chargé de l’orientation, de la validation des thèmes et des résultats de recherches. Il est composé de neuf (9) membres.

Le Secrétariat Exécutif (SE) : est l’organe exécutif de l’organisation. Il assure la Coordination, Mise en réseau et interconnexions, Information et communication, Développement des capacités, Etudes & Recherche, Contrôle et évaluation et Mobilisation des ressources.

Les Commissions Spécialisées : les commissions spécialisées sont des groupes thématiques au sein de l'organisation, fondés sur l'expertise et des intérêts communs des membres. Il est créé huit (08) Commissions Spécialisées suivantes : 

  • Grande Corruption ;
  • Flux Financiers Illicites ;
  • Propriété Bénéficiaire Effective
  • Recouvrement des avoirs & déclaration du patrimoine ;
  • Corruption Verte ;
  • Transparence, Intégrité du Secteur Privé
  • Recherches & Développement ;
  • Transparence & Gouvernance minière.